Filmjei egyetlen témáról, a történelem fordulatainak kiszolgáltatott közép-európai ember sorsáról szólnak. Egy-egy filmje – legyen akár múltba tekintő nagyepika (Redl ezredes), költői vallomás (Apa), mesei műfajt választó történelmi és lélektani elemzés (Budapesti mesék) vagy múltban játszódó kamaradráma (Bizalom, Szembesítés) – a jelen közérzetéről tudósít: Közép-Európában még mindig sok a tabu, elkerüljük a társadalom szellemi állapotával történő szembenézést. Meggyőződése, hogy a társadalom "betegségének" okai igen mélyre, még az Osztrák-Magyar Monarchia előtti időkbe nyúlnak vissza, s nemzedékről nemzedékre öröklődnek. Ahol egyetlen emberöltő alatt nyolcszor nevezik át az utcákat, ott legtöbben a pillanatnak élnek, nem tesznek mást, mint állandóan "igazodnak" a rendszerváltásokhoz. "Itt mindig számonkérősdi volt – mondja az Édes Emma, drága Böbe egyik hőse –, "ki volt kommunista, ki volt fasiszta, ki volt horthysta, ki volt sztálinista és ki volt polgár?"
Szabó a hatvanas évek elején a szubjektív, időutazásos filmlíra egyik legnagyobb ígéreteként robbant be a világ filmművészetébe. Személyes hangvételű filmjeiben leszámolt nemzedéke közösségi illúzióival (Álmodozások kora, 1964), a hamis "apa-képpel" (Apa, 1966), majd az első szerelem mítoszával (Szerelmesfilm, 1970). Szakított a magyar film irodalmias hagyományával: a tárgyak, az utca, a környezet főszereplővé lépett elő. Az újhullámra jellemző flashback ezekben a filmekben speciális kelet-európai tartalmakkal telítődött: a személyes és történelmi identitáskeresés eszköze lett. A magánélet nézőpontjából elevenedett meg több évtized történelmi tapasztalata: Auschwitz, a zsidókérdés, 1956, a disszidálás, a létező szocializmus ellentmondásai.
Szabó filmjeinek stílusán, a filmformán nemcsak a filmművészet világtendenciáinak alakulása követhető nyomon, hanem az az értékvesztési folyamat is, amely ebben a közép-kelet-európai régióban a hatvanas évek társadalmi progressziójától az ezredforduló elbizonytalanodás-élményéig vezetett. A korai filmek ifjú hőseinek története személyes, de a filmek befejezései mégis a sorsközösség élményét hangsúlyozták. Az Álmodozások korában telefonos-kisasszonyok ébresztik az embereket, az Apa hősével együtt kisebb csapat ússza át a Dunát, egyre többen tolják a villamost a Budapesti mesékben (1976), a Tűzoltó utca 25. (1973) szorongó, üldözött lakói egy emberként néznek vissza a lebontásra ítélt házra, sőt még a Bizalomban (1979) is fél ország keresi a rokonát az igazolóbizottságok előtt. A csoportképet azonban már a Bizalomban felváltotta a magára maradt ember csupasz arca – és a hagyományos, harmadik személyű történetmesélés. A Mephisto (1981), a Redl ezredes (1985), a Hanussen (1988) rendre elbukó színész-kém-látnok figuráiban Szabó táguló történelmi dimenziókban, egyre komorabb képekben fogalmazta meg, miért, mikor, milyen karaktereket használ föl és ejt a hatalom, mit ér a hűség, milyen ára van a biztonságérzetnek, mikor vesznek elő valakit a múltjáért és a másságáért, hol ér véget az autonómia, hol kezdődik az önfeladás. A rendszerváltozás pillanatát megörökítő "Európa Opera"- álom önironikus abszurdja (Találkozás Vénusszal, 1990) és az Édes Emma, drága Böbe (1991) keserű költői dokumentarizmusa után a történelmi trilógiában megismert gondolatot folytatta. Ezredvégi összegző filmjében (A Napfény íze, 1999), egy zsidó család évszázadot felölelő krónikájában a diktatúrák történetét meséli a boldog békeidőktől a vörös- és fehérterroron át a Holocaustig és a kommunista rezsimig. Művében a zsidóság a globalizálódó Európa talán legalapvetőbb problémájának, a másságnak a metaforája. A Wilhelm Furtwängler igazolási eljárását feldolgozó Szembesítésben (2001) pedig a lélektani kamaradráma formájában tér vissza a trilógia kérdése: milyen karaktereket termel ki és használ föl Közép-Európában a diktatúra, kik, milyen célok érdekében és milyen módszerekkel képviselik az "igazságot".
Pályája – mint a Nobel-díjas Kertész Imréé is – Németországból ívelt magasra: az Ulrich Gregorék által az Arsenal moziban szervezett retrospektív vetítéssorozatok indították el Manfred Durniok producerrel Oscar-díjhoz vezető sikeres együttműködést. Filmjeit Kertész művészetével az is rokonítja, hogy mindketten a tudat felől ábrázolják a személyiség és a totális diktatúrák viszonyát: a belesimulást holocaust és a kommunista diktatúra gépezetébe, a túlélés, a szabadság és az önfeladás kérdését.
Filmrendezőként ugyanakkor az a törekvése, hogy az arcokon tegye láthatóvá a kimondhatatlant: az átalakuló érzelmeket, a hirtelen elfojtásokat, a csendeket – évszázados traumáinkat.
